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title: 'Código de replicación de tablas y gráficos de "El cólera en Salamanca: Análisis comparado de las epidemias del siglo XIX"'
subtitle: 'Replication code for tables and figures in "Cholera in Salamanca: Comparative analysis of the 19th Century epidemics"'
author:
- José Antonio Ortega ^[Departamento de Economía e Historia Económica e IME, Universidad de Salamanca. Financiación parcial a través de proyecto SA049G19 de la Junta de Castilla y León.]
- Clara García-Moro ^[Facultat de Biología, Universitat de Barcelona]
date: "15/12/2020"
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: no
    number_sections: false
    fig_caption: yes
abstract: |
  | Harvard Dataverse url: https://doi.org/10.7910/DVN/WZV5BZ
  |
  | Article citation: Ortega, José Antonio and García-Moro, Clara (2020) El cólera en Salamanca: Análisis comparado de las epidemias del siglo XIX / Cholera in Salamanca: Comparative analysis of the 19th Century epidemics, *Revista de Demografía Histórica - Journal of Iberoamerican Population Studies*, XXXVIII, III. issn: 2696-4325
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, message=FALSE,
                      warning=FALSE,dpi=300)
# library(officedown)
library(tidyverse)
library(lubridate)
library(readxl)
library(flextable)
library(tsibble)
library(fable)
library(ggsci)
library(Hmisc)
library(jtools)
library(printr)
library(knitr)

load("colera-Sal-Data.RData")

```


\newpage

## Gráfico 1: Mortalidad general en la ciudad de Salamanca 1833-1886

## Figure 1: General mortality in the city of Salamanca 1833-1886

```{r, message=FALSE, warning=FALSE, fig.width=10, fig.height=7, fig.cap="Mortalidad general en la ciudad de Salamanca 1833-1886. Fuentes ADS: García Moro y Esparza (2013), Registro Civil: AMS, MNP y López Alonso (1895)", fig.topcaption = TRUE}

mortalidad %>% 
  gather("Variable","Defunciones",2:4) %>% 
  ggplot(aes(x=Año,y=Defunciones,linetype=Variable,color=Variable)) + ylim(c(0,1000)) +
  geom_line() + theme_bw(20) +
  theme(legend.position="bottom") + guides(linetype="none")+
  labs(color="") + scale_color_jama()
```


\newpage

## Tabla 1: Defunciones en las parroquias en los años de epidemia colérica

## Table 1: Parish deaths in the epidemic years

```{r, tab.cap=""}



col_tab1 %>% flextable() %>% set_header_labels(Observadas="Defunciones",Esperadas="Defunciones",Observado="Exceso",Ajustado="Exceso",`Livi-Bacci`="Intensidad de crisis",Dupâquier="Intensidad de crisis") %>% 
  merge_at(i=1,j=2:3,part="header") %>% merge_at(i=1,j=4:5,part="header") %>% 
  merge_at(i=1,j=6:7,part="header") %>% 
  add_header_row(values=c("","Observadas","Régimen normal","Observado","Ajustado",
        "Del Panta","Dupâquier"),top=FALSE) %>% merge_at(i=1:2,j=1,part="header") %>% 
  colformat_num(j=2:5,digits=0) %>% 
  colformat_num(j=6:7,digits=2) %>% 
  theme_booktabs() %>%  fit_to_width(5.90551) 

```

\newpage

## Tabla 2: Impacto de los brotes de cólera según datos oficiales y comparación con el exceso de mortalidad estimado

## Table 2: Impact of the cholera epidemics according to official data and based on estimated excess general mortality



```{r, message=FALSE, warning=FALSE, tab.cap=""}

col_tab2 %>% flextable() %>% 
set_header_labels(Variable="Año",`1834`="Ciudad",`1855`="Ciudad",`1885-86`="Ciudad",
                  `1834p`="Provincia",`1855p`="Provincia",`1885-86p`="Provincia") %>% 
  merge_at(i=1,j=2:4,part="header") %>% merge_at(i=1,j=5:7,part="header") %>% 
  add_header_row(values=c("Año","1834","1855","1885-86","1834","1855","1885-86"),top=FALSE) %>% merge_at(i=1:2,j=1,part="header") %>% 
  colformat_num(j=2:7,digits=0,big.mark=" ") %>%  
  footnote(i=c(2,4,6),j=3,value=as_paragraph("La estimación de los fallecidos de 1855 se basa en letalidad imputada para hombres como se describe en el texto")) %>% 
  theme_booktabs() %>% autofit()

```

\newpage


```{r,fig.width=10, fig.height=12, fig.cap="Fuentes: Comisión Provincial de Sanidad, BOPS (1855), y López Alonso (1885)."}
fig2.1= ts1834 %>% as_tibble %>% 
  filter(Variable%in%c("Casos","Existentes","Fallecidos")) %>%
  ggplot(aes(x=Fecha,y=Acumulado,linetype=Variable,color=Variable)) +
  geom_line() + theme_bw(20) +
  theme(legend.position="bottom") +
  scale_color_jama() +
  labs(subtitle="(a) Epidemia de cólera de 1834",linetype="") +
  guides(linetype="none")
  
fig2.2= ts1885 %>% as_tibble %>% 
  filter(Sexo=="Total") %>%
  bind_rows(ts1885 %>% slice(3) %>% as_tibble %>% mutate(Variable="Existentes")) %>% 
  ggplot(aes(x=Fecha,y=Acumulado,linetype=Variable,color=Variable)) +
  geom_line() + theme_bw(20) + scale_color_jama() +
  theme(legend.position="bottom") +
  guides(linetype="none") +
  labs(subtitle="(b) Epidemia de cólera de 1885-86",linetype="")

library(lemon)
grid_arrange_shared_legend(fig2.1,fig2.2,ncol=1,nrow=2)

```

\newpage


```{r,fig.width=10,fig.height=12, warning=FALSE, message=FALSE, fig.cap="Ritmo mensual de las defunciones en los años de epidemia. Fuentes: ADS (García Moro y Esparza, 2013), Registro Civil, MNP, BOPS y López Alonso (1895)"}

col_mes %>% filter(Fecha<=1886) %>% 
  ggplot(aes(x=Fecha,y=Def_ADS)) +
  geom_hline(yintercept=0) +
  geom_segment(aes(xend=Fecha,y=0,yend=`Cólera`,color="Cólera"),
               size=2) +
  geom_line(aes(color="Parroquias ADS")) +
  geom_line(aes(y=Def_RC,color="Registro Civil"),linetype=2)+
  facet_wrap(Epidemia~.,scales="free_x",nrow=3) + ylim(c(0,315))+
  scale_color_jama() +
  zoo::scale_x_yearmon() + theme_bw(20) + labs(color="",y="Defunciones mensuales") +
  theme(legend.title=element_text(size=16))
```

\newpage


```{r, fig.width=10, fig.height=12, fig.cap="Epidemias de cólera en Salamanca por parroquias (1834,1885-86) y su relación con la tasa de pobreza en 1835."}


graf4=parroquias %>% ggplot(aes(size=Poblac_1836,x=Pobreza_1835,y=IntCrisis_1834))+geom_point(alpha=0.7,color=ggsci::pal_jama()(2)[2]) + geom_smooth(mapping=aes(weight=Poblac_1836),se=FALSE,method="lm",show.legend=FALSE,color="black") +
  scale_size(range = c(3, 15)) + theme_bw(12) + labs(subtitle="(d) Intensidad de crisis y pobreza en 1834",
             size="Población 1836",x="Pobreza 1835",y="Intensidad de crisis 1834")    + theme(legend.position="bottom")                                                               

library(patchwork)

(map1+map2)/(map3+graf4)
```


\newpage


```{r,fig.width=10, fig.height=12, fig.cap="Incidencia y mortalidad por edades y sexos: Cólera de 1885-86. La linea vertical representa el intervalo binomial exacto al 95%"}


edad1=Edades1885 %>% 
  filter(Sexo!="T") %>%  
  ggplot(aes(x=Edad,y=Tasa,color=Sexo,linetype=Variable),
         size=4,alpha=0.5) +
  geom_line() + scale_y_continuous(trans="log10") + 
  geom_pointrange(aes(ymin=Lower,ymax=Upper),
                position = position_dodge(0.8)
                ) +
  scale_color_jama(alpha=0.8) +
  guides(
         linetype = guide_legend(override.aes = list(shape = NA))
  ) +
  scale_x_continuous(breaks=Edades1885 %>% select(Edad0) %>% unique() %>% pull(Edad0)) + theme_bw(14) +
  labs(subtitle="(a) Tasas de incidencia y mortalidad por sexo y edad",linetype="")



edad2=Edades1885 %>% mutate(densidad=Personas/(Edad1-Edad0),
                            ext=(Edad1-Edad0)) %>% 
  filter(Sexo!="T") %>% 
  ggplot(aes(x=Edad,y=densidad,fill=Sexo,width=ext),alpha=0.7) +
  geom_bar(stat="identity",position="dodge2") +
  facet_grid(Variable~.) + scale_fill_jama() +
  scale_x_continuous(breaks=Edades1885 %>% select(Edad0) %>% unique() %>% pull(Edad0)) + theme_bw(14) + 
  labs(subtitle="(b) Casos y defunciones por grupos de edad y sexo")

lemon::grid_arrange_shared_legend(edad1,edad2,nrow=2,ncol=1)

```